Однако это был единственный путь спасения архитектурного памятника в атеистические годы СССР. Ведь ещё в 1930 году храм планировалось взорвать, и только превращение постройки в здание утилитарного назначения позволило сохранить архитектурный объект нетронутым. А благодаря работникам хранилища были спасены фрагменты внутреннего убранства, иконы и большая часть исторического декора, над которым в новом тысячелетии предстояло трудиться лучшим столичным реставраторам.

Новая жизнь старого храма

В 2008 году под эгидой правительства Москвы, Департамента культурного наследия города Москвы и Патриархии началось восстановление исторической архитектуры и соборной живописи. Многие декоративные элементы, разрушенные временем, пришлось изготавливать заново, кропотливо следуя изначально задуманной стилистике церкви.

На данный момент полностью восстановлена отделка фасадов лепниной, храмовые кресты и купола; были также обнаружены удивительные фрагменты исторической кирпичной кладки, которую заложили ещё при строительстве древней церкви, стоявшей на месте будущего храма Климента. Один из таких фрагментов, расположенный на верхнем этаже храмовой лестницы, был превращён в открытый музейный экспонат для посетителей.